Согласно положениям Протокола, при экспорте товаров применяется нулевая ставка НДС при представлении в налоговый орган одновременно с налоговой декларацией документов (их копий), предусмотренных пунктом 4 Протокола, в том числе договора (контракта), заключенного с налогоплательщиком другого государства - члена ЕАЭС, и заявления о ввозе товаров и уплате косвенных налогов с отметкой налогового органа государства - члена ЕАЭС, на территорию которого импортированы товары.
При этом в соответствии с пунктом 6 статьи 72 Договора НДС не взимается при импорте на территорию государства - члена ЕАЭС товаров, которые ввозятся на территорию этого государства - члена ЕАЭС физическими лицами не в целях предпринимательской деятельности.
Таким образом, на основании положений Договора и Протокола при реализации физическим лицам товаров, предназначенных для личного, семейного, домашнего или иного использования, не связанного с предпринимательской деятельностью, нулевая ставка НДС не применяется.
С учетом изложенного, операции по реализации Обществом товаров физическим лицам Республики Казахстан в рамках договора розничной купли-продажи через интернет-магазин подлежат налогообложению НДС по налоговым ставкам, установленным пунктами 2 и 3 статьи 164 НК РФ, вне зависимости от оформления расчетов казахстанских физических лиц с Обществом (предоплата (онлайн оплата) при оформлении заказа через сайт интернет-магазина, либо в момент получения товара от ТОО наличными или банковской картой).
В отношении порядка налогообложения НДС операций по реализации транспортно-логистических услуг по доставке товаров физическим лицам Республики Казахстан, оказываемых ТОО на основании договора оказания услуг, заключенного с Обществом, необходимо учитывать следующее.
Согласно пункту 28 раздела IV Протокола взимание косвенных налогов при выполнении работ, оказании услуг в общем случае осуществляется в государстве-члене ЕАЭС, территория которого признается местом реализации работ, услуг. При этом налоговая база, ставки косвенных налогов, порядок их взимания и налоговые льготы (освобождение от налогообложения) определяются в соответствии с законодательством государства - члена ЕАЭС, территория которого признается местом реализации работ, услуг.
Место реализации работ, услуг для целей исчисления НДС определяется согласно пункту 29 раздела IV Протокола.
Поскольку транспортно-логистические услуги не поименованы в подпунктах 1 - 4 пункта 29 Протокола, место реализации этих услуг для целей исчисления НДС определяется согласно подпункту 5 пункта 29 Протокола по месту нахождения исполнителя услуг.
В этой связи в целях применения НДС местом реализации транспортно-логистических услуг, оказываемых Обществу казахстанским хозяйствующим субъектом (ТОО), территория Российской Федерации не признается и, соответственно, такие услуги в Российской Федерации НДС не облагаются.
С учетом изложенного, в рассматриваемом случае налогообложение НДС операций по реализации транспортно-логистических услуг, оказываемых Обществу казахстанским хозяйствующим субъектом (ТОО), производится в соответствии с налоговым законодательством Республики Казахстан.
В отношении порядка учета ООО (продавец) в целях налогообложения в Российской Федерации выручки от реализации на территории Республики Казахстан физическим лицам товаров сообщается следующее.
В целях налогообложения прибыли организаций в соответствии с пунктом 2 статьи 249 Кодекса выручка от реализации определяется исходя из всех поступлений, связанных с расчетами за реализованные товары (работы, услуги) или имущественные права, выраженные в денежной и (или) натуральной формах.
Доходы, полученные российской организацией от источников за пределами Российской Федерации, учитываются при определении ее налоговой базы. Указанные доходы учитываются в полном объеме с учетом расходов, произведенных как в Российской Федерации, так и за ее пределами (пункт 1 статьи 311 Кодекса).
Кроме того, в соответствии с пунктом 1 статьи 253 Кодекса в состав расходов включаются расходы, связанные с производством и реализацией, которые включают в себя в том числе расходы, связанные с изготовлением (производством), хранением и доставкой товаров, выполнением работ, оказанием услуг, приобретением и (или) реализацией товаров (работ, услуг, имущественных прав).
При этом проверка соблюдения налогоплательщиками своих налоговых обязательств осуществляется налоговым органом во время мероприятий налогового контроля, порядок проведения которого установлен Кодексом.
В тоже время из рассматриваемых материалов следует, что спорная ситуация сложилась в отношении налогообложения трансграничной торговли на территории Республики Казахстан, осуществляемой группой ООО и оспаривании решений налоговых проверок, осуществленных налоговыми органами Республики Казахстан. В частности, налоговыми органами Республики Казахстан по итогам проведенной налоговой проверки сделан вывод о признании деятельности казахской организации ТОО в рамках договора оказания услуг по доставке товаров продавца до покупателей и возврату невыкупленных товаров обратно продавцу приводящей к образованию постоянного учреждения ООО на территории Республики Казахстан для целей налогообложения.
Пунктом 1 статьи 25 "Взаимосогласительная процедура" Конвенции между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Казахстан "Об устранении двойного налогообложения и предотвращении уклонения от уплаты налогов на доход и капитал" от 18.10.1996 (далее - Конвенция) установлено, что, если лицо, являющееся резидентом договаривающегося государства, считает, что действия одного или обоих договаривающихся государств приводят или приведут к его налогообложению не в соответствии с положениями Конвенции, оно может независимо от средств защиты, предусмотренных законодательством этих государств, представить свое дело для рассмотрения компетентными органами договаривающегося государства, резидентом которого оно является. Заявление должно быть представлено в течение 3 лет с момента первого уведомления о действиях, приводящих к налогообложению не в соответствии с положениями Конвенции.
Компетентный орган будет стремиться, если он сочтет претензию обоснованной и если он сам не сможет прийти к удовлетворительному решению, решить вопрос по взаимному согласию с компетентным органом другого договаривающегося государства, с тем чтобы избежать налогообложения, не соответствующего Конвенции. Любая достигнутая договоренность должна выполняться независимо от каких-либо временных ограничений законодательства договаривающихся государств.
Компетентным органом в Российской Федерации является Министерство финансов Российской Федерации (статья 3 Конвенции).
Также, в соответствии с пунктами 1, 3 стати 142.8 Кодекса порядок проведения взаимосогласительной процедуры определяется положениями соответствующего международного договора Российской Федерации по вопросам налогообложения. Порядок и сроки представления заявления о проведении взаимосогласительной процедуры, а также порядок и сроки рассмотрения указанного заявления определяются Министерством финансов Российской Федерации с учетом положений международных договоров Российской Федерации по вопросам налогообложения.
Приказом Минфина России от 11.06.2020 N 102н утвержден Порядок и сроки представления и рассмотрения заявления о проведении взаимосогласительной процедуры в соответствии с международным договором Российской Федерации по вопросам налогообложения.
Учитывая изложенное налогоплательщик, если он считает, что действия налоговых органов Республики Казахстан нарушают положения Конвенции и законодательства Республики Казахстан и приводят к двойному налогообложению, вправе обратиться в Минфин России (компетентный орган), с заявлением о возбуждении взаимосогласительной процедуры.
Письмо ФНС от 13 октября 2021 г. № ЕА-4-15/14526@