Согласно абзацу четвертому пункта 4 статьи 170 НК РФ суммы НДС, предъявленные налогоплательщикам по товарам (работам, услугам), используемым для осуществления как облагаемых, так и не подлежащих налогообложению (освобождаемых от налогообложения) операций, принимаются к вычету либо учитываются в их стоимости в той пропорции, в которой они используются для производства и (или) реализации товаров (работ, услуг), операции по реализации которых подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения), в порядке, установленном принятой налогоплательщиком учетной политикой для целей налогообложения, и с учетом особенностей, установленных пунктом 4.1 статьи 170 Кодекса.

  В соответствии с пунктом 4.1 статьи 170 Кодекса указанная пропорция определяется исходя из стоимости отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг), операции по реализации которых подлежат налогообложению (освобождены от налогообложения), в общей стоимости отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг), переданных имущественных прав за налоговый период.

   Таким образом, в случае применения банком общеустановленного порядка исчисления НДС при расчете указанной пропорции учитываются доходы от осуществления банковских операций и иных операций, не подлежащих налогообложению (освобождаемых от налогообложения) НДС согласно подпункту 3 пункта 3 статьи 149 Кодекса. При этом получаемые банком суммы штрафов, пеней и неустоек при расчете вышеуказанной пропорции, определяемой исходя из стоимости отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг) за налоговый период, не учитываются.

ПИСЬМО МИНФИНА от 10 сентября 2018 г. N 03-07-11/64580