В соответствии с пунктом 7 статьи 78 НК РФ заявление о зачете или о возврате суммы излишне уплаченного налога может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы, если иное не предусмотрено законодательством Российской Федерации о налогах и сборах.

   В определении Конституционного Суда Российской Федерации от 21.06.2001 N 173-О указано, что положения статьи 78 НК РФ не препятствуют налогоплательщику в случае пропуска установленного срока обратиться в суд с иском о возврате из бюджета переплаченной суммы в порядке гражданского или арбитражного судопроизводства, и в этом случае действуют общие правила исчисления срока исковой давности - со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своего права (пункт 1 статьи 200 ГК РФ).

  Таким образом, в случае пропуска срока, установленного пунктом 7 статьи 78 НК РФ,  налогоплательщик может обратиться в суд для защиты своего права в пределах общего срока исковой давности, установленного статьей 196 ГК РФ.

  В случае когда суд признает уважительной причину пропуска срока исковой давности, нарушенное право гражданина подлежит защите (статья 205 ГК РФ).

  Прежде чем обращаться в суд, нужно подать заявление о возврате или зачете в инспекцию и получить отказ (порядок приведен  в Постановление Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 N 57).