В соответствии с пунктом 2 статьи 346.11 НК РФ  применение упрощенной системы налогообложения организациями предусматривает их освобождение от обязанности по уплате налога на прибыль организаций (за исключением налога, уплачиваемого с доходов, облагаемых по налоговым ставкам, предусмотренным пунктами 1.6, 3 и 4 статьи 284 НК РФ).

  Налогоплательщики, применяющие упрощенную систему налогообложения, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с НК РФ при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией (включая суммы налога, подлежащие уплате при завершении действия таможенной процедуры свободной таможенной зоны на территории Особой экономической зоны в Калининградской области), а также налога на добавленную стоимость, уплачиваемого в соответствии со статьей 174.1 НК РФ.

  Таким образом, у некоммерческой организации, применяющей упрощенную систему налогообложения и передающей нежилое помещение в собственность религиозной организации, объектов налогообложения по налогу на добавленную стоимость и налогу на прибыль организаций не возникает.

  Что касается организации, применяющей общий режим налогообложения, то в соответствии с подпунктом 1 пункта 1 статьи 146 НК РФ  объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость признаются операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации, а также передача имущественных прав. При этом перечни операций, не признаваемых объектом налогообложения и не подлежащих налогообложению (освобождаемых от налогообложения) налогом на добавленную стоимость, установлены соответственно пунктом 2 статьи 146 и статьей 149 НК РФ.

  Так, на основании подпункта 1 пункта 2 статьи 146 и подпункта 3 пункта 3 статьи 39 НК РФ не признается объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость передача имущества некоммерческим организациям на осуществление основной уставной деятельности, не связанной с предпринимательской деятельностью.

  При этом операции по передаче имущества некоммерческим организациям для осуществления ими предпринимательской деятельности указанными перечнями не предусмотрены.

 Таким образом, передача некоммерческой организации имущества для использования одновременно при осуществлении как основной уставной деятельности, не связанной с предпринимательской деятельностью, так и предпринимательской деятельности подлежит налогообложению налогом на добавленную стоимость.

   Что касается оказания услуг по предоставлению в аренду имущества религиозного назначения и иного недвижимого имущества организацией, применяющей общую систему налогообложения, то данные операции, не включенные в указанные перечни, на основании подпункта 1 пункта 1 статьи 146 НК РФ подлежат налогообложению налогом на добавленную стоимость в общеустановленном порядке.

  При определении объекта налогообложения по налогу на прибыль организаций налогоплательщиками учитываются доходы от реализации товаров, работ, услуг, имущественных прав, определяемые в соответствии со статьей 249 НК РФ, и внереализационные доходы, определяемые в соответствии со статьей 250 НК РФ.

  Доходы, не учитываемые при определении налоговой базы по налогу на прибыль, определены в статье 251 НК РФ. Перечень таких доходов является исчерпывающим.

  В соответствии с пунктом 2 статьи 251 НК РФ при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций не учитываются целевые поступления на содержание некоммерческих организаций и ведение ими уставной деятельности, поступившие безвозмездно от других организаций и (или) физических лиц и использованные указанными получателями по назначению. При этом налогоплательщики - получатели указанных целевых поступлений обязаны вести раздельный учет доходов (расходов), полученных (понесенных) в рамках целевых поступлений.

   К таким целевым поступлениям, в частности, относятся имущество (включая денежные средства) и (или) имущественные права, которые получены религиозными организациями на осуществление уставной деятельности (подпункт 11 пункта 2 статьи 251 НК РФ).

  Таким образом, доход в виде безвозмездно полученного религиозной организацией имущества не учитывается при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций на основании подпункта 11 пункта 2 статьи 251 НК РФ при выполнении условий, установленных указанным пунктом данной статьи НК РФ.

  Имущество, полученное в рамках целевых поступлений и использованное не по целевому назначению, признается внереализационным доходом (пункт 14 статьи 250 НК РФ).

По Письму Минфина РФ от 20 апреля 2016 г. N 03-11-06/2/25405