Согласно пункту 1 статьи 146 НК РФ объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость признаются операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации независимо от источника оплаты.

 В соответствии с подпунктом 2 пункта 1 статьи 162 НК РФ налоговая база по налогу на добавленную стоимость увеличивается на суммы денежных средств, полученные в виде финансовой помощи, на пополнение фондов специального назначения, в счет увеличения доходов либо иначе связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг). Денежные средства, не связанные с оплатой товаров (работ, услуг), подлежащих налогообложению налогом на добавленную стоимость, в налоговую базу не включаются.

 Таким образом, если субсидии получены налогоплательщиком в качестве оплаты реализуемых этим налогоплательщиком товаров (работ, услуг), подлежащих налогообложению, то налог на добавленную стоимость в отношении таких субсидий исчисляется в общеустановленном порядке.

 В случае если денежные средства в виде субсидий получены налогоплательщиком из бюджетов бюджетной системы Российской Федерации на возмещение затрат, связанных с оплатой приобретаемых им товаров (работ, услуг), то такие денежные средства в налоговую базу по налогу на добавленную стоимость не включаются, поскольку указанные денежные средства не связаны с оплатой реализуемых этим налогоплательщиком товаров (работ, услуг). При этом следует отметить, что в случае оплаты указанных товаров (работ, услуг) за счет средств, выделенных из федерального бюджета, суммы налога на добавленную стоимость вычету не подлежат, поскольку принятие к вычету (возмещению) налога, оплаченного за счет средств федерального бюджета, приведет к повторному возмещению налога из бюджета. Поэтому суммы налога на добавленную стоимость, ранее принятые к вычету по таким товарам (работам, услугам), следует восстановить на основании подпункта 6 пункта 3 статьи 170 Кодекса.

 Что касается субсидий, выделенных из иных бюджетов бюджетной системы на возмещение вышеуказанных затрат, то в отношении таких субсидий норма, предусмотренная подпунктом 6 пункта 3 статьи 170 Кодекса, не применяется.

 По вопросам применения налога на добавленную стоимость в отношении списываемых основных средств следует руководствоваться подпунктом 1 пункта 2 статьи 171 Кодекса, согласно которому вычетам подлежат суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику при приобретении на территории Российской Федерации товаров (работ, услуг), используемых для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения налогом на добавленную стоимость. В случае если приобретенные товары (работы, услуги) не используются налогоплательщиком для операций, подлежащих налогообложению, то оснований для принятия к вычету сумм налога, предъявленных при их приобретении, не имеется.

Письмо Минфина РФ от 14 апреля 2016 г. N 03-07-11/21297

  О том, что нужно восстанавливать НДС с субсидии полученной из федерального бюджета, читатайте на нашем сайте.