Согласно абзацу второму пункта 1 статьи 169 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) счет-фактура может быть составлен и выставлен на бумажном носителе и (или) в электронной форме.

На основании пункта 6 статьи 169 Кодекса счет-фактура подписывается руководителем и главным бухгалтером организации либо иными лицами, уполномоченными на то приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации. Счет-фактура, составленный в электронной форме, подписывается усиленной квалифицированной электронной подписью руководителя организации либо иных лиц, уполномоченных на это приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации, в соответствии с законодательством Российской Федерации.

  В соответствии с пунктом 6 Правил заполнения счета-фактуры, применяемого при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 26.12.2011 N 1137, первый экземпляр счета-фактуры, составленного на бумажном носителе, выставляется покупателю, второй экземпляр остается у продавца.

   Поскольку положения пункта 6 статьи 169 Кодекса не содержат запрета на формирование счета-фактуры на разных носителях (то есть в виде информации в электронной форме и на бумажном носителе), в целях сокращения документооборота считаем возможным подписывать второй экземпляр счета-фактуры, выставленного на бумажном носителе, усиленной квалифицированной электронной подписью руководителя и главного бухгалтера организации либо иных лиц, уполномоченных на это приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации.

  При этом следует учитывать, что при необходимости распечатывания вторых экземпляров счетов-фактур, выставленных на бумажном носителе и подписанных усиленной квалифицированной электронной подписью, достоверность усиленной квалифицированной электронной подписи руководителя и главного бухгалтера организации либо иных уполномоченных лиц заверяется в установленном порядке руководителем организации.